Die sechste Staffel von How I Met Your Mother hat 24 Episoden, die in den USA vom 20. September 2010 bis zum 16. Mai 2011 auf dem Sender CBS ausgestrahlt wurden. In Deutschland lief die sechste Staffel vom 7. September 2011 bis zum 30. November 2011 auf ProSieben.
Die 6. Staffel beginnt mit einer Ankündigung des "Zukunft-Ted": Er wird auf einer Hochzeit als Trauzeuge auftreten und so die Mutter der Kinder kennen lernen.
Über den gesamten Sommer hat Robin eine schwere Zeit. Ihr gelingt es nicht, über die Trennung von Don hinauszukommen und schafft es nur mit Hilfe, von diesem loszulassen. Währenddessen sind sich Lily und Marshall bezüglich des Kindes einig und versuchen schwanger zu werden. Allerdings erfährt Lily, dass ihr Mann dieses schon bekannt gibt und hat Probleme diesem Druck standzuhalten. Sie fürchtet kein Kind gebären zu können und somit Marshall, sowie die anderen zu enttäuschen.
Barney und sein Bruder James helfen ihrer Mutter das Haus aufzuräumen und stoßen so auf Erinnerungen ihrer Kindheit. So finden sie einen Brief, der die Identität von James biologischem Vater, Sam Gibbs, enthüllt. Die Crew arrangiert ein Treffen und James, sowie sein Vater scheinen sehr glücklich zu sein. Jedoch fällt Barney dies schwer und versucht, auch an diesem Glück teilzuhaben, was die anderen meist nur verärgert. Als seine Mutter Loretta ihm aber anbietet, den wahren Namen seines Vaters zu erfahren, lehnt Barney dies ab und sagt, sie sei das einzige Elternteil, das er bräuchte.
Gleichzeitig sorgt Barney dafür, dass Ted als Architekt einer neuen Zentrale der GNB eingestellt wird. Diese Stelle tritt dieser trotz einiger Zweifel und aufgrund Barneys Hartnäckigkeit auch an und muss kurz darauf erfahren, dass ihm eine Gruppe Protestanten gegenübersteht, angeführt von Zoey Pierson, die Ted im Verlauf der Staffel noch häufiger begegnet.
Dank Barneys Engagement findet die Crew einen Mitschnitt der Kinderserie "Space Teens", in der Robin als "Robin Sparkles" mit ihrer ehemaligen besten Freundin Jessica Glitter die Hauptrolle spielt. Die Gruppe schafft es, die beiden nach einem Streit vor mehreren Jahren wieder zu versöhnen. Währenddessen lädt Ted seinen Highschool-Freund "Punchy" ein und wird auf seiner Bitte hin dessen Trauzeuge.
Aufgrund einiger Ereignisse um Thanksgiving, verbessert sich die Beziehung zwischen Ted und seiner Konkurrentin Zoey und sie wird als Freundin von der Crew aufgenommen. So freundet sich Ted auf einem Bootsausflugs auch mit ihrem Mann, "The Captain" genannt, an.
Lily ist für 36 Stunden schwanger, aufgrund eines falsch-positiven Schwangerschaftstests überlegen alle Freunde ihr Leben und beschließen einiges zu verändern. Robin tritt eine neue Stelle an einem bekannten Fernsehsender an und Barney erfährt, wieso Weihnachten als "Zeit des Gebens" bezeichnet wird und spendet 100$ an die Kirche, in der Sam Gibbs, James Vater, arbeitet.
Robin erklärt Ted als ihren Trauzeugen für den Fall, dass sie jemals heiraten sollte.
Marshalls Vater, Marvin Eriksen Sr., erleidet eine Herzattacke und stirbt kurz nach einem Besuch bei Lily und seinem Sohn. Aufgrund dieses Ereignisses entscheidet Marshall eine Weile bei seiner Familie in Minnesota zu bleiben. Während die Crew auf der Beerdigung ist überdenken alle die Beziehungen zu ihren Vätern und Barney ruft seine Mutter an, um ihr zu sagen, dass er bereit sei, den Namen seines wahren Vaters zu erfahren.
Marshall wird in Minnesota von dem Rest der Crew stetig angerufen und über alle Informationen aufgeklärt, auch über Ted und Zoey, und er bemerkt als erster, dass die beiden mehr Gefühle für sich entwickeln, als sie dem anderen jeweils zutrauen. Ted und Zoey werden ein Paar. Zoey lässt sich indes scheiden.
Zurück in New York kündigt Marshall seinen Job bei der GNB und tritt eine ehrenamtliche Stelle als Umweltschützer an. Währenddessen trifft Barney auf seinen Vater, Jerome Whittaker, und erschrickt aufgrund zu hoher Erwartungen. Trotz einiger Schwierigkeiten gelingt den beiden eine Vater-Sohn-Beziehung einzugehen.
Unterdessen verliebt Barney sich in die attraktive Nora, welche er vorerst anlügt, um mit ihr schlafen zu können, dann jedoch wirkliche Gefühle für sie entwickelt. In der letzten Folge von Staffel 6 wird offentsichtlich, dass Robin Barney noch liebt.
Im Staffelfinale ist Lily schwanger und man erfährt, dass Barney heiraten wird und dass Ted auf seiner Hochzeit Trauzeuge ist. Er lernt dort die Mutter kennen.
Marshall feuert einen Mitarbeiter und wird daraufhin von schlechtem Gewissen geplagt
Lily will unbedingt wissen, mit wem Robin die Nacht verbracht hat, nachdem sie nach Halloween im Krankenschwesternoutfit und mit zerzausen Haaren wieder kommt
Robin ist genervt von Lily, da diese nur noch davon redet, schwanger zu werden
Barney hat ein neues Robin Sparkles-Video gefunden
Lily erfährt, dass sie ihrer ehemaligen besten Freundin die Freundschaft gekündigt hat, nachdem sie schwanger wurde. Sie macht sich jetzt Sorgen dass Robin das bei ihr auch macht
Es stellt sich heraus dass ihre Freundin, Jessica Glitter, die Freundschaft gekündigt hatte, weil sie nur noch für das Baby da war
Barney und Ted streiten, wer den Knopf für die Sprengung drücken darf
Zoey will sich mit Ted treffen, was Barney und Robin als Zeichen sehen, dass sie wieder zusammen kommen
Lily kauft ihre und Marshalls Lieblingssuppe, danach wird ihr übel, so denkt sie, sie hat eine Lebensmittelvergiftung
Marshall erwartet das selbe und verlässt sein Vorstellungsgespräch deshalb frühzeitig
Es stellt sich heraus dass Lily schwanger ist
Barney und Robin treffen auf Nora, die Barney zu einem Date einlädt. Nora bejaht und man sieht eine traurige Robin, was darauf hindeutet dass sie noch Gefühle für Barney hat
In einem Zukunftsblick sieht man, dass Barney heiraten wird